L'organisation des organes des tortues correspond de manière générale à celle des vertébrés8. Quelques différences sont néanmoins à souligner : elles n'ont pas d'oreille externe (les oreilles internes sont situées derrière les yeux), pas de dents (remplacées par un bec) et ont un cloaque8. Le cœur des tortues possèdent trois cavités (deux oreillettes et un ventricule), il est plutôt plat, large et sa pointe est arrondie8,9. L'appareil respiratoire de la tortue et l'un des plus évolués parmi les reptiles9. Elle possède en effet une glotte, un larynx, un pharynx et une trachée (composée d'anneaux cartilagineux)9. Elles possède deux poumons possédant de nombreux replis et situés sous la dossière, ce qui explique pourquoi une tortue sur le dos peut mourir d'étouffement9. Le système digestif est assez classique avec un foie volumineux9. Comme les autres reptiles, les tortues sont recouvertes d'écailles.